Царствование Бориса начиналось успешно, однако череда опал породила уныние, а вскоре разразилась и настоящая катастрофа. В 1601 г. Шли долгие дожди, а затем грянули ранние морозы и, по словам современника, «поби мраз сильный всяк труд дел человеческих в полех». В следующем году неурожай повторился. В стране начался голод, продолжавшийся три года. Борис запрещал продавать хлеб дороже определенного предела, даже прибегая к преследованиям тех, кто взвинчивал цены, но успеха не добился. Стремясь помочь голодающим, он не жалел средств, широко раздавая беднякам деньги. Но хлеб дорожал, а деньги теряли цену. Борис приказал открыть для голодающих царские амбары. Однако даже их запасов не хватало на всех голодных, тем более, что, узнав о раздаче, люди со всех концов страны потянулись в Москву, бросив те скудные запасы, которые все же имелись у них дома. Люди начинали думать, что это — кара Божья. Годунов пошел даже на временное восстановление Юрьева дня. Правда, он разрешил не выход, а лишь вывоз крестьян. Дворяне таким образом спасали свои имения от окончательного запустения и разорения. Разрешение, данное Годуновым, касалось лишь мелких служилых людей, оно не распространялось на земли членов Боярской думы и духовенства. Но и этот шаг не намного увеличил популярность царя. Массовый голод и недовольство установлением «урочных лет» стали причиной крупного восстания под руководством Хлопка (1602—1603 гг.), в котором участвовали крестьяне, холопы и казаки. Повстанческое движение охватило около 20 уездов центральной России и юга страны. Восставшие объединялись в крупные отряды, которые продвигались к Москве. Против них Борис Годунов направил войско под командованием И. Ф. Басманова. В сентябре 1603 года в ожесточенном сражении под Москвой повстанческая армия Хлопка была разбита. Басманов погиб в бою, а сам Хлопок был тяжело ранен, взят в плен и казнен. Вместе с тем Исаак Масса сообщает, что «… запасов хлеба в стране было больше, чем могли бы его съесть все жители в четыре года… у знатных господ, а также во всех монастырях и у многих богатых людей амбары были полны хлеба, часть его уже погнила от долголетнего лежания, и они не хотели продавать его; и по воле божией царь был так ослеплен, невзирая на то, что он мог приказать все, что хотел, он не повелел самым строжайшим образом, чтобы каждый продавал свой хлеб» .
