Запятая ставится на месте всех пропусков в предложенияхc объяснением) 1) Ковалев…

2) Ему, встревоженному и недоумевающему, было трудно сейчас это объяснить.=обособленные определения, т. К относятся к местоим.3) Стройные амфоры, то есть кувшинчики с высоким узким горлышком, предназначались для хранения драгоценных душистых масел.=уточняющий член предлож. С словом ТО ЕСТЬ